Crysis 3 продолжает сюжетную линию Пророка (Prophet). Действие происходит в 2047 году, место действия аналогично второй части - Нью-Йорк. После событий второй части прошло 20 лет. Город накрыли специальным "нанокуполом", который разбили на семь районов, называемых "Семь чудес". По вине мистической энергии, город превратился в джунгли. Под куполом находится карантинная зона, которая населена остатками сил пришельцев, цефов (Ceph), её патрулируют сотрудники CELL, изучающие деятельность цефов. Пророк, преисполненный местью, хочет покончить с ненавистными Цефами, и с в конец оборзевшими вояками из CELL. В ходе игры используются ещё более модифицированный по сравнению с прошлыми играми серии нанокостюм и соответствующее 2047 году оружие. В игру вернётся персонаж Crysis и Crysis Warhead - Псих (Psycho). По предварительным данным, игровая механика Crysis 3 вернётся к «песочной» структуре первой части.

EA анонсировали также издание Hunter Edition, с которым игроки получат ранний доступ к механическому луку, улучшенному костюму с некоторыми новыми фишками, буст XP для мультиплеера, который сразу откроет пятый уровень прокачки персонажа, уникальные скины для оружия и эксклюзивные бирки.

Crysis 3 Hunter Edition откроет ранний доступ к некоторым фишкам и любой желающий вскоре сможет оформить предзаказ на это издание, которое будет стоить всего 59.99 долларов.

Приобретая Hunter Edition, вы получаете сразу несколько заявленных наборов предзаказа:
- Stalker Pack - помимо самой игры вы получаете ранний доступ к мультиплеерному контенту - полу-автоматическому дробовику Jackal, который придется по вкусу любителям скрытной охоты. Это мощное оружие ближнего боя, оснащенное глушителем, покрыто особым слоем покраски. Кроме того вы получаете два эксклюзивных дог-тага для мультиплеера.
- Overkill Pack - сюда входит штурмовая винтовка Typhoon, выстреливающая до 500 патронов в секунду. Typhoon дает игрокам способности легко и просто вернуть себе территорию Liberty Dome. Вас ожидают также две лимитные бирки.
- Predator Pack - открывает пистолет-пулемет Feline с эксклюзивным камуфляжем. Высокая скорость стрельбы и магазин на 60 патронов делают Feline незаменимым оружием в боях на ближней дистанции.